Inhouse Partnerprogramme werden mit einer speziellen Software entwickelt, unabhängig vom Affiliate Netzwerk. Die Inhouse Parnterprogramme sind flexibler zu handhaben und bieten variable provisionen. Ein weiterer Vorteil dieses Programms ist es, dass die Gebühren für den Merchant entfallen, die er dem Affiliate Netzwerk zahlen müsste. Ein Nachteil ist aber, dass beim InHouse Partnerprogramm die Kontrolle durch einen unabhängigen Dritten fehlt, der sich um Auszahlung, Support und Tracking kümmert.